Diese Schildkröte wird manchmal als die einzigen Arten der monotypische Gattung Pyxidea geführt. Die phylogenetische Analyse mit mitochondrialen DNA hat Beweise dafür geliefert, dass die Art ein Teil der " Cuora Gruppe " ist, so dass die indische Dornschildkröte nun als Teil dieser Gattung geführt wird. Weitere phylogenetische Studien von Cuora unterstützt diese Schlussfolgerung. (Honda, M., et al. (2002); Stuart, B. L. and J. F. Parham. (2004)).
Außerdem ist bekannt, dass mouhotii z.B. mit Cuora galbinifrons hybridisieren.
FRITZ, U., ZIEGLER, T., HERRMANN, H.-W. & E. LEHR 2002. Intergradation between subspecies of Cuora galbinifrons BOURRET, 1939 and Pyxidea mouhotii (GRAY, 1862) in southern North Vietnam (Reptilia: Testudines: Geoemydidae). Faunistische Abhandlungen, Staatliches Museum für Tierkunde, Dresden 23: 59-74.

Nach der Cites – Konferenz 2003 wurde Cuora mouhotii in Anhang B aufgenommen und somit wurde der Handel nach Europa und USA stark eingeschränkt. Ob diese Maßnahme allerdings auf den chinesischen Lebendtiermärkten besonders greift, wird stark angezweifelt.
Um so wichtiger ist es jetzt, Zuchtgruppen zusammenzustellen und Nachzuchten zu erhalten.
Wegen des großen Verbreitungsgebietes muss allerdings darauf geachtet werden, „Farbvarianten“ nicht zu vermischen.

Von Cuora mouhotii sind zur Zeit zwei Unterarten beschrieben. 
Cuora mouhotii mouhotii (GRAY, 1862)
Cuora mouhotii obsti (FRITZ, ANDREAS & LEHR, 1998)
Am deutlichsten unterscheiden sich die Tiere als Schlüpflinge. C. m. mouhotii hat einen dunklen Carapax und ein orange umrandetes schwarzes Plastron. C. m. obsti hat einen helbraunen Carapax, das Plastron ist gelblich mit schwarzer Maserung.

C. m. mouhotii	C.m. obsti

Honda, M., et al. (2002). Phylogenetic relationships of the Asian box turtles of the genus Cuora sensu lato (Reptilia: Bataguridae) inferred from mitochondrial DNA sequences. Zoological Science 19, 1305-12.
Stuart, B. L. and J. F. Parham. (2004). Molecular phylogeny of the critically endangered Indochinese box turtle (Cuora galbinifrons). Molecular Phylogenetics and Evolution 31(1), 164-77.